После провозглашения 25 июня 1991 года независимости Хорватии и последовавшего 8 сентября решения хорватского парламента о полном разрыве с бывшей "большой" Югославией (СФРЮ) в Хорватии началась гражданская война между хорватами и краинскими сербами, которая продолжалась до 1995 года.
На самом деле сербы провозгласили создание Сербской автономной области Краина (САОК), приняли ее устав и отказались войти в состав Хорватии еще до распада "большой" Югославии. Это случилось 21 декабря 1990 в городе Книн. Эти решения были поддержаны Сербией.
Однако Хорватия не отказалась от части своей территории, после чего в стране вспыхнуло восстание сербского меньшинства. 1 апреля Исполнительный совет Национального веча САОК принял решение о присоединении Краины к Республике Сербии и о введении на территории Краины законов Сербии и конституции Югославии. Проведенный 12 мая референдум утвердил это решение подавляющим большинством голосов.
С августа 1991 вооруженные столкновения между хорватами и сербами переросли в войну хорватской армии с силами Югославской народной армии (ЮНА).
19 декабря 1991 года сербы провозгласили создание своего государства – Республики Сербская Краина (РСК), не признанного, однако, мировым сообществом. В период гражданской войны ЮНА предприняла бомбардировки многих городов Хорватии, в результате которых Осиек, Винковцы, Карловац, Задар и Дубровник были в значительной степени разрушены, а Вуковар – полностью уничтожен.
Лишь в начале 1992 военные действия были прекращены; к этому моменту примерно треть территории Хорватии (Краина и Восточная Славония) находились под контролем сербских войск. В марте 1992 в Хорватию был введен и размещен в основном в буферных зонах 14-тысячный контингент миротворческих сил ООН. Однако вслед за выводом частей ЮНА с территории Хорватии началась эскалация войны в Боснии и Герцеговине, где и сербские, и хорватские войска стали осуществлять захват территорий и "этнические чистки".
В 1993 году хорватские милиционеры в Боснии при военной поддержке правительства повернули оружие против боснийского правительства, представлявшего разные национальные слои населения. 3 июля 1993 они создали сепаратистское государство, которое назвали "Герцег-Босна".
Тем временем тогдашние президенты Хорватии и Сербии Туджман и Милошевич стали сотрудничать с посредниками Европейского союза и ООН с целью навязать расчленение Боснии и Герцеговины, а затем аннексировать районы, которые их вооруженные силы захватили и "зачистили".
Сговор сопровождался непрекращающимися военными действиями и эпизодами интенсивной перестрелки на оккупированной Сербией территории Хорватии. К концу 1993 года Туджман потребовал вывести миротворческие войска ООН из этих районов, так как они отказались предпринимать какие-либо действия против нарушения сербами условий прекращения огня.
Весной 1994 под дипломатическим нажимом США Хорватия выступила гарантом соглашения о прекращении огня между хорватами и мусульманами Боснии и Герцеговины.
В декабре 1995 Хорватия приняла участие в подписании Дейтонских соглашений по Боснии и Герцеговине. Военные победы Хорватии над сербами на хорватской территории, а также участие в авиационных налетах НАТО в августе-сентябре 1995 приблизили окончание военных действий.
Во время войн в бывшей Югославии, как считают эксперты, совершено до 20 тысяч военных преступлений, 20 тысяч человек могут быть обвинены в совершении преступлений. 25 тысяч человек считаются пропавшими без вести.
У Международного трибунала по бывшей Югославии есть претензии как к Сербии, так и к Хорватии.